Župa je osnovana 13. kolovoza 1967. godine. U početku je obuhvaćala područje Meja, te Sustjepan i zapadni dio splitske luke. Kasnije su joj granice proširene na franjevački samostan na Obali i okolno područje zvano Šperun. Župa je povjerena franjevcima konventualcima. Naslovnik župe je Sveti Stjepan «pod borovima», da se tako počasti uspomena na benediktinski samostan Sv. Stjepana iz 11. stoljeća, po kojemu je Sustjepan dobio ime, a u srednjovjekovnim dokumentima samostan se nazivao Sveti Stjepan pod borovima. 

Župa nema župne kuće, pa se sjedište župnika i župni ured nalaze u samostanu Svetog Frane na Obali. Prvi župnik bio je fra Ambroz Vlahov.

Matične knjige počele su se voditi od otvaranja župe 1967. godine. Na području župe ima oko 3.800 stanovnika.